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Ernst Haeckel begründete 1907 das Phyletische Museum. Der Name des Hauses ist ein Unikat – er leitet sich von der Phylogenese, also der Stammesgeschichte, ab. Haeckel hatte diesen Begriff selbst geprägt. Die Stammesgeschichte bildet heute den Leitfaden der Dauerausstellung: Es geht nicht nur darum, interessante, spektakuläre oder wichtige Tiere vorzustellen, sondern ihre Verwandtschaft untereinander aufzuzeigen und den Menschen als Teil der Evolution zu begreifen. Denn der Mensch ist stammesgeschichtlich nicht nur Mensch, sondern z.B. auch ein Primat, ein Säugetier, ein Wirbeltier und ein vielzelliges Tier. Unsere Sonderausstellungen widmen sich aktuellen Themen mit Evolutions-Bezug, aber auch ästhetischen und künstlerischen Themen und aktuellen gesellschaftlich relevanten Fragen wie der Invasions- und Naturschutzbiologie.
Das Museumsgebäude steht unter Denkmalschutz. Es ist 1908 im Jugendstil errichtet worden und trägt im Giebelfeld seit 2008 wieder die von Haeckel in Jena geprägten Begriffe Ontogenie und Phylogenie.
Das Phyletische Museum widmet sich vor allem der Stammesgeschichte (Phylogenese) – dieser Begriff wurde von seinem Gründer Ernst Haeckel geprägt. Am 30.7.1908 übergab Haeckel das Gebäude der Universität Jena. Heute ist das Museum Teil des Institutes für Zoologie und Evolutionsforschung. Das Haus widmet sich den klassischen Bereichen eines naturkundlichen Forschungsmuseums: Sammeln, Bewahren, Forschen, Ausstellen und Vermitteln. In der Ausstellung wird das gesamte Tierreich gezeigt, vom Badeschwamm über Ohrenqualle und Hummer bis zu Tiger und Kasuar. Daneben gibt es die Themensäle 'Evolution' und 'Menschwerdung' sowie laufende aktuelle Sonderausstellungen. Die Forschungsschwerpunkte des Museums liegen in der Stammesgeschichte und Biodiversität von Insekten.
Die Sammlungen umfassen zur Zeit mindestens 500.000 Stücke und Serien, darunter zahlreiche Insekten und Belege von regional seltenen und ausgestorbenen Tierarten, sowie Fossilien, eine Nasssammlung und umfangreiche Vogel- und Säugetierbestände. Die Geschichte der Sammlung geht bis in das 17. Jahrhundert zurück; im 18. Jahrhundert war Goethe (1749–1832) Leiter der anatomisch-zoologischen Sammlung in Jena. Wir zeigen beispielsweise den von ihm untersuchten Auerochsen aus dem Haßlebener Moor, der von Bojanus als Bos primigenius beschrieben wurde. Das Museum hat jährlich rund 17.000 Besucher.
